付与しなければ使えない休暇と付与しなくても使える休暇とを設定することはできますか

可能です。付与しなければ使えない休暇は、対象の従業員の方に手動で有給休暇の一括付与をすることで対応できます。付与しなくても使える休暇については、休暇の種別（付与の要否）を「付与しなくても使える休暇」に設定することが可能です。