振替出勤から振替休日までのフローを教えてください。

「振替休日」は、申請者が「休日出勤」を申請し、その申請が承認された段階ではじめて、「振替休日」として休暇を申請することができます。
「休日出勤（振替出勤）」が承認されていなければ、休暇の申請ができません。そのため、「振替休日」がないのに誤って申請される心配はありません。

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また、「振替休日の申請」は「休暇の申請」ではなく、「休日出勤（振替出勤）」」に紐付いている機能ですので、いつの「休日出勤」の分の「振替休日」かを把握できます。