時間外勤務の申請を取り消したり、修正したりすることはできますか

可能です。
既に上長により承認された申請の場合は、承認画面より承認を解除した後、申請画面から取り消しを行うことができます。このように一般社員の申請から上長の承認までをスムーズに一元化することが可能です。